大多数学者认为，保函是承托双方的一项保证赔偿协议。有的则认为，保函是一种特殊的担保合同。两者的看法均有一定道理，但都不全面。从保函的法律关系分析，保函的提供者不同，保函的法律性质也不同。保函不是单纯的协议，也不是单纯的特殊担保合同，而是两者的结合。《汉堡规则》第17条第2款称换取清洁提单所出具的保函为“任何保函或协议”，也是包含两层意思。
下面我们从保函的法律关系分析不同主体开具的保函不同的法律性质：
<一>托运人自己开具的保函
托运人出具保函，承诺保证承担承运人因在提单上不加批注而造成的一切损失。这种保函是一种赔偿协议，实质上是赔偿的补偿。承运人和收货人对货物发生争执时，承担赔偿责任者是承运人不是托运人，这将保函与债务承担协议相区别。这种赔偿协议更近似于托运人与承运人之间的一项单务合同，托运人单方面承担承运人赔偿损失所受损害的义务。托运人自己出具的保函，无第三方的担保，一般不被承运人接受，在实践中也极少使用。
<二>第三人出具的保函
在这种保函法律关系中，托运人和承运人之间有赔偿补偿的协议，第三者为保证托运人履约提供担或保证。这是典型的以确保债务履行和债权实现的担保法律制度。此时保函是一份从属于托运人和承运人之间的协议的从合同，当托运人和承运人之间的协议因欺诈第三方而无效时，保函作为从合同无效；当托运人和承运人之间的补偿协议有效，但托运人拒绝履行补偿义务时，承运人可依保函要求保函提供者履行补偿义务，而保函提供者无抗辩权。第三人出具的保函中一般由资信良好的银行作为第三人出具保函，但这种保函不是一般国际经济合同中独立于基础合同的银行保函，银行保函中银行承担付款承诺而没有先诉抗辩权，但为换取清洁提单而出具的银行保函是传统意义上的保证担保，有从属性和补充性。有的学者把保函笼统地界定为承托双方的协议，不以保函主体不同加以区分，当然地推出保函无效的结论，本文觉得有欠理论上的分析。从理论上分析第三人出具的保函的法律关系，明显可看出，出具保函的第三人要承担的风险较大，托运人极有可能利用保函欺诈银行，而且托运人申请第三人出具保函要交纳一定的费用，并不能理想地达到迅捷的目的。
<三>托运人和第三人共同出具的保函
在这种保函法律关系中，托运人和承运人仍有赔偿补偿的协议，此时保函提供者为托运人和第三人。其法律关系与第三人出具的保函的法律关系相类似，最大的区别是托运人和第三人共同提供担保，两者承担连带责任。这种保函由托运人和第三人共同承担风险，可以防止托运人利用保函欺诈第三人，因而在实践中运用得比较多。⑤保函的法律关比较复杂，如果不从保函主体的不同分清三类保函的法律关系，难免会陷入保函法律关系混乱的误区。
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